Die Gefahr von Keimen bzw. mikrobiologischer Verunreinigung ist hier besonders hoch. Für Aufsehen sorgte etwa eine Untersuchung von Hühnerfleisch in deutschen Supermarktketten durch unabhängige Experten im letzten Jahr. Mehr als jede zweite Probe wies dabei antibiotikaresistente Keime auf, jede dritte Probe trug Keime, die auch gegen Reserveantibiotika resistent waren. In jeder fünften Probe konnten sogar mehrfache Resistenzen nachgewiesen werden. Solche resistenten Keime können für den Verbraucher lebensgefährlich werden, wenn dieser sie mit der Nahrung aufnimmt und wenn benötigte Medikamente nicht mehr anschlagen.
Gefährlich sind aber nicht nur die resistenten Keime, sondern auch Bakterien wie Listerien oder Salmonellen. Insbesondere bei Kindern und älteren Personen oder Schwangeren kann die Aufnahme lebensgefährliche Folgen wie Blutvergiftungen oder Hirnhautentzündungen haben. So sind Anfang 2019 mindestens drei Menschen nach dem Verzehr belasteter Fleischbällchen gestorben, die in zwei Supermarktketten verkauft wurden. Der Verkauf der Produkte wurde nach Bekanntwerden sofort gestoppt. Gerade Listerien und Salmonellen jedoch werden sehr häufig gefunden, da besonders Eier und Geflügelfleisch oft belastet sind.