Forscher gehen davon aus, dass der ursprüngliche Erreger aus dem Tierreich stammt und auf den Menschen übertragen wurde; es handelt sich also um eine sogenannte Zoonose. Zunächst vermutete man eine Fledermaus als ersten Träger des Virus, später dann ein Schuppentier. Mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit handelt es sich um eine Mutation, die bei der Kreuzübertragung unter verschiedenen Tieren entstand und schließlich auf den Menschen übersprang. Der mutmaßliche Ursprung liegt auf dem so genannten „Wet Market“ der chinesischen Metropole. Hier arbeiteten viele der ersten Infizierten als Verkäufer und Händler. Auf diesen Märkten werden unter anderem Tiere gehandelt, die in der chinesischen Küche oder der chinesischen Medizin genutzt werden. Diese werden entweder lebend verkauft oder kurz vor dem Verkauf direkt auf dem Markt getötet. Hierzu zählen neben Fisch und Meerestieren zum Beispiel auch Schlangen, Ratten, Fledermäuse, Krokodile, Kamele, Wölfe und Füchse, Stachelschweine, Pfauen und viele andere Vögel sowie unzählige mehr. Viele dieser Tierarten würden sich in freier Wildbahn nie begegnen, das Risiko der Entstehung von Zoonosen und auch anderer Krankheiten ist auf solchen Märkten extrem hoch. Da viele Tiere unmittelbar vor dem Verzehr noch leben, ist die Übertragung von Blut bei der Schlachtung sehr wahrscheinlich, auch das erhöht die Gefahr einer Ansteckung.